南水北调工程的根本目标是改善和修复北方地区的生态环境。由于黄淮海流域的缺水量80%分布在黄淮海平原和胶东地区，因而有限实施东线和中线工程势在必行；在黄淮海平原和胶东地区的缺水量中，又有60%集中在城市，城市人口和工业产值集中，缺水所造成的经济社会影响巨大。因此，确定南水北调工程近期的供水目标为解决城市缺水为主，兼顾生态和农业用水。

南水北调东线和中线工程涉及7省（直辖市）的44座地级以上受水区为京、津、冀、鲁、豫、苏的39座地级及其以上城市、245座县级市（区、县城）和17个工业园区。

把南水北调工程近期的主要供水对象确定为城市，原因是城市人口相对集中，耗水量和缺水量大；城市经济、社会发展较快，受水资源制约严重；城市中企业、居民具有一定的水价支付能力，有利用贷款的偿还。

通水后，在保证城市发展需水量的同时，可逐步置换被挤占的农业及生态用水，限 制超采地下水、利用丰水年增加北调水量，恢复和改善地下水环境，增加农业、生态用水量。